สมาคมปลูกถ่ายอวัยวะแห่งประเทศไทย ได้จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 10 มีนาคม 2531 ในชื่อ "ชมรมเปลี่ยนอวัยวะแห่งประเทศไทย" และเปลี่ยนชื่อเป็น "สมาคมเปลี่ยนอวัยวะ แห่งประเทศไทย (Thai Transplantation Association)" เมื่อวันที่ 25 กุมภาพันธ์ 2534 ต่อมาใช้ชื่อว่า "สมาคมปลูกถ่ายอวัยวะแห่งประเทศไทย (Thai Transplantation Society)" โดยมีรายนามของประธานชมรมและนายกสมาคมดังนี้

นพ. ทองดี ชัยพานิช
พ.ศ. 2531 - พ.ศ. 2534

ศ.นพ. ชวลิต อ่องจริต
พ.ศ. 2535 - พ.ศ. 2539

ศ.นพ. ไพบูลย์ จิตประไพ
พ.ศ. 2539 - พ.ศ. 2543

พล.ต.หญิง พญ. อุษณา ลุวีระ
พ.ศ. 2543 - พ.ศ. 2547

ศ.นพ. โสภณ จิรสิริธรรม
พ.ศ. 2547 - พ.ศ. 2551

ศ.นพ. วสันต์ สุเมธกุล
พ.ศ. 2551 - พ.ศ. 2555

รศ.นพ. เกรียงศักดิ์ วารีแสงทิพย์
พ.ศ. 2555 - พ.ศ. 2559

พลเอกนายแพทย์ถนอม สุภาพร
พ.ศ. 2559 - พ.ศ. 2561

อ.นพ.สุรสีห์ พร้อมมูล
พ.ศ. 2561 - พ.ศ. 2563

รศ.นพ.ชลธิป พงศ์สกุล
พ.ศ. 2563 - ปัจจุบัน